A proposta pedagógica do Colégio Sêneca está embasada em princípios que norteiam o pleno desenvolvimento humano, a partir do respeito irrestrito às diversidades e às estruturas sociais, emocionais e cognitivas de cada aluno.
A construção do saber se apresentará através de metodologias diversas, considerando a singularidade dos sujeitos e suas múltiplas inteligências, por meio da PROBLEMATIZAÇÃO – INSTRUMENTALIZAÇÃO – CONSTRUÇÃO, que são bases de uma concepção de educação histórico-crítica.
O processo educacional deve, na concepção do Colégio Sêneca, estimular o desenvolvimento da criatividade, do espírito crítico, da capacidade de analisar e sintetizar. Pretende também promover o autoconhecimento, a socialização, a proatividade, a autonomia e a responsabilidade do educando. Para tanto, a escola oferecerá disciplinas especiais que contemplem habilidades imprescindíveis para o bem viver.
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